Od samog početka prodaje Pixela 6/Pro krenuli su softverski problemi kod oba modela. Jedan on najizraženijih je bio poluupotrebljiv senzor otiska prsta. Osim toga što je bio neprecizan, također je bio i jako spor. Softverski update nešto je popravio situaciju, ali ne u potpunosti.

Osim toga, korisnici su imali problema s WiFi dometom i stabilnošću, kao i s lošim signalom mobilne mreže. Google je kasnio s isporukama ažuriranja, što je dodatno razbjesnilo korisnike.

Novi problem pogađa korisnike koji su mijenjali zaslon. Mnogi se žale da im je nakon zamjene zaslona nemoguće upogoniti senzor otiska prsta. Problem nastaje kada pokušate koristiti Googleov alat za kalibraciju otiska prsta. Jedan dio korisnika dobije poruku: “Nije moguće pronaći  softver  kalibracije za ovaj uređaj”.

Kako Google planira riješiti još jedan neugodan problem za vlasnike Pixela 6 i Pixela 6 Pro, nije poznato, ali to moraju učiniti vrlo brzo.